L'ordine deve necessariamente essere processato per gli ordini con pagamenti non istantanei.
Ad ogni modo per disabilitare le fatture, la via più semplice è disattivare le email di invio e rimuovere tutte le informazioni che fanno riferimento alle fatture (praticamente solo quelle del my account / my orders )
Ciao,
puoi utilizzare questa estensione: http://www.magentocommerce.com/magento-connect/disable-automatic-generation-of-invoice.html
L'estensione in realtà crea la fattura per ogni tipologia di ordine, ma disabilando l'autofatturazione si ottiene l'effetto opposto.
Per i pagamenti con bonifico puoi cambiare lo status direttamente nelle impostazioni di pagamento
Per i pagamenti con paypal è necessario modificare con un ovverride della classe il metodo di pagamento (in pratica è necessario una nuova estensione -> purtroppo quella non ce l'ho "pubblicabile")