Заметил еще одну странность, все разделы и подразделы сайта идут так:
domen.ru/index.php/catalog/
domen.ru/index.php/uslugi/
также он зашел и в индекс поисковых систем. т. е. все через index.php
Это особенность движка? Или же косяк при переносе?
Это косяк настройки htaccess. В нем Apache должен быть натравлен на единственный входной файл. Вообще возьмите htaccess из дистрибутива и залейте его в корень сайта вместо старого.
Да и еще кэш почаще стоит чистить. Там в файлах могут пути со старым доменным именем сохраниться.
