Ciao,
per differenziare i prezzi tra due tipologie di utenti l'ideale sarebbe creare un nuovo website; Magento consente di impostare prezzi diversi su website diversi mantenendo lo stesso catalogo in System > Configuration > CATALOG > Catalog > Price potendo sfruttare il fatto che la visualizzazione o meno delle tasse è modificabile a livello di Store View in System Configuration > SALES > Tax > Price Display Settings.
Se i gruppi sono più di uno puoi mantenere lo stesso website e utilizzare i Group Price specificabili nella sezione Prices della scheda prodotto ma a quel punto devi utilizzare un meccanismo non nativo per la visualizzazione dei prezzi con o senza tasse a seconda del gruppo.
Per esperienza però un vero B2B è supportato da un gestionale e le logiche sui prezzi (e soprattutto sugli sconti clienti) sono più complesse di quelle che Magento consente di impostare nativamente.
In questo caso dovrebbe essere il gestionale a possedere tali logiche e non è sensato implementarle in due posti considerato che ogni modifica da un lato dovrebbe essere replicata anche dall'altro lato (e facilmente da fornitori diversi).
Il consiglio è quindi di poter attingere alle regole prezzi del gestionale. Se sono mappabili in Magento bene (ma non mi è mai capitato), potrebbe bastare un export pianificato dal gestionale verso Magento; altrimenti occorre riscrivere le logiche di visualizzazione prezzi, calcolo e checkout facendo guidare il gestionale che generalmente risponde a specifici web service. Questo ultimo caso è l'approccio migliore perché delega completamente al gestionale i calcoli ma richiede di numerose giornate di lavoro.
Un saluto
