Einfach löschen. Per Skript gehts wie hier gezeigt:
https://magento.stackexchange.com/questions/253724/magento2-creating-a-lot-of-catalogrule-product-te...
Ich vermute es passiert auf Servern die etwas labil sind. Ich habe derzeit auch einen der Probleme mit dem Timing macht und immer mal wieder die Dienste abkacheln lässt. dadurch vermute ich bleiben diese Tabellen ungewollt liegen.