zionko, Вы дали ссылку на документацию Magento 2.
Каждый сервер вообще настроен может быть по разному, в основном подходит:
на папки var и media
770 на каталоги
660 на документы
на всё остальное
750 на каталоги (иногда 755)
640 на документы (иногда 644)
Вот тут бы посоветовал почитать http://magento.stackexchange.com/questions/12158/what-permissions-should-i-give-var-and-media