>>Такая же проблема, использую ***, крон настроен.
Если память не изменяет, в разных версиях по разному происходит отправка, у Вас какая?
Разный тип сообщений Magento отправляет по разному
В последних версиях сообщения о новом заказе проходят через крон, а допустим сообщение из контактной формы с фронта через то приложение которое Вы указали.
Вместо штатного крона рекомендую использовать вот это https://www.magentocommerce.com/magento-connect/aoe-scheduler.html можно сказать монитор крона, где все наглядно можно контролировать.
