Физически есть несколько филиалов магазина в разных городах.
У каждого товара есть атрибут "статус" - отключен - выключен. Если отключить товар в каком-то филиале, то он не будет доступен и в других филиалах, хотя физически он будет будет присутствовать на складе в других городах. Как разделить эту опцию по всем филиалам, чтобы отключая в одном, товар был доступен в других филиалах?
В Magento из коробки нет функционала нескольких складов. Следовательно, если у вас реализован функционал филиалов, то есть какой-то модуль для этого. Обращайтесь к разработчику.
Чтобы кто-то мог помочь вам чем-то другим, кроме совета выше, предоставьте больше информации. Версия Magento, как у вас реализованы филиалы, может картинками покажите что и как делаете.