Правила каталога универсальный инструмент. Он позволяет указывать цены на определённый период.
Чтобы это реализовать, эти новые цены хранятся в отдельной таблице - по одной записи на каждый день. И генерируется эта таблица раз в сутки, по умолчанию в час ночи.
Цены могут пропадать по разным причинам, но основные
1. у вас не настроен запуск cron
2. какие-то проблемы именно с этой задачей (в зависимости от версии Magento может эта задача или не создаваться или создаваться в неправильное время - не в новый день, а на старый ещё. Поэтому цены на новый день не будут появляться).
А применение правил вручную создают записи с ценами на нужный день.
