Это стандартный косяк модуля CMS - нет проверок на наличие представлений магазинов. То есть у вас остались страницы или блоки, которые должны показываться на представлениях магазина, которых уже нет.
Для решения проблемы надо через базу данных стереть CMS страницы или убрать их связь с несуществующими StoreView.
По идее должно хватить удалить записи в таблице cms_page_store, у которых store_id > 0.
На будущее: при удалении StoreView надо всем страницам ставить область действия All Store Views.
