Модули писать или допиливать имеющиеся надо. В модуле доставки простое делаешь проверку адреса клиента и если город нужный, то выдаешь модуль. У меня был такой заказ, когда надо было сделать модуль доставки собственным курьером для магазина, при том что собственная доставка работает только по Москве.
Ну это соответственно в том случае, если модуль не предусматривает нужных настроек, как в случае с модулем по ссылке.
