Точно также, как и в первой Magento - никак, без написания своего модуля фильтрации. Если уж фильтр включён, то показываются все товары, включая подкатегории.
В первой Magento при необходимости показать только нужные фильтры в определённой категории редактировали шаблон, но это не совсем корректно и оправдано только в определённых случаях.
