No es una funcionalidad nativa.
Deberás personalizar y crear ese comportamiento.
Por lo que dices, esto no sería un cambio para un método de de pago en particular, sino para todos.
Pensando rápido, deberías inyectar ese texto en el email, por lo cual, no debería ser muy complejo.
Lo que puede cambiar el alcance de tu funcionalidad es si haces sólo eso y es para todos los métodos, o si quieres poder configurar algo, o si se incluye también métodos de envío.
Creo que comenzaría a revisar por \Mage_Sales_Model_Order::queueNewOrderEmail que es en dónde se encolan los emails. Intentaría mirar primero por allí para ver hacia dónde te lleva.
