Не забывайте писать о какой версии Magento идёт речь.
в Magento 1.x общие макеты (если я правильно понимаю, что вы ищете) находятся в папке app\design\frontend\base\default\template\page\*
Если вы не будете использовать стандартные классы, то вы или потеряете часть стандартного функционала, реализуемого через JS и/или часть сторонних модулей не будет работать полноценно, так как более менее серьёзные вмешательства в дизайн часто основываются на классах стандартных элементов, например, что-то связанное с AJAX загрузками.
Вам никто не запрещает полностью всё переписать. Главное понимать, какие последствия это повлечёт за собой для поддержки и доработки сайта.
