Пробовал создавать свою тему и не нашел где можно переопределить общий лейаут страницы. На этом форуме писали, что
Сверстать просто в HTML нельзя, ставить надо мадженто и верстать из-под него, потому что у мадженто свои классы - просто заверстать отдельно от мадженто - будет просто зря потраченное время
Не забывайте писать о какой версии Magento идёт речь.
в Magento 1.x общие макеты (если я правильно понимаю, что вы ищете) находятся в папке app\design\frontend\base\default\template\page\*
Если вы не будете использовать стандартные классы, то вы или потеряете часть стандартного функционала, реализуемого через JS и/или часть сторонних модулей не будет работать полноценно, так как более менее серьёзные вмешательства в дизайн часто основываются на классах стандартных элементов, например, что-то связанное с AJAX загрузками.
Вам никто не запрещает полностью всё переписать. Главное понимать, какие последствия это повлечёт за собой для поддержки и доработки сайта.
Лайоут страницы определяется в нескольких местах. Есть шаблоны страниц в формате PHTML как вам правильно подсказал niro, есть файлы XML в каталоге layout темы, где можно управлять выбором этих файлов для разных страниц или отключать часть блоков меняя вид страницы или в настройках страниц можно задать свои layout в XML формате. Ну и наконец собственно блоки и их шаблоны. Это только то, что касается формирования HTML-кода страницы. А есть еще CSS и JS.